まずはPECLを使うためにphp5-devをインストールします。
binutilやら何やらも必要になるので、-yオプションを付けて一気に済ませてしまいましょう。

$ sudo apt-get install -y php5-dev

次に、PECLでXdebugをインストール。

$ sudo pecl install xdebug

aptでphp5-xdebugを入れても良いのですが、私はより新しいバージョンを使うためにPECLからのインストールを選択しました。aptで入れればbinutilなどのリソースを省けるので、どちらを選ぶかはお好みで。

2016/01/08 追記 ubuntu14.04では、-Zオプションが必要です。

$ sudo pecl install -Z xdebug

Xdebugをインストールしたら/etc/php5/mods-available/xdebug.iniを作成します。

xdebug.remote_connect_back=OnはすべてのホストからサーバのXdebugに接続できるようにします。
リモートデバッグするホストを特定の1台に限る場合は、代わりにxdebug.remote_host="nnn.nnn.nnn.nnn"と記述しておくと安全です。

FPM経由でXdebugを有効にするため、/etc/php5/fpm/conf.d/20-xdebug.iniからリンクを張ります。

$ sudo ln -s /etc/php5/mods-available/xdebug.ini /etc/php5/fpm/conf.d/20-xdebug.ini

設定は以上です。FPMを再起動します。

$ sudo service php5-fpm restart

ブラウザでphpinfo.phpを開き、Xdebugが有効になっていれば設定は完了です。

ubuntu-php-nginx-xdebug-02